Joustavaan perusopetukseen haetaan Wilmassa hakulomakkeella, jonka oppilas ja huoltaja täyttävät yhdessä huoltajan tunnuksilla. Lomake löytyy Wilmasta nimellä "Hakemus joustavaan perusopetukseen(huoltaja)". Tämän jälkeen oppilas ja hänen huoltajansa osallistuvat moniammatillisen tiimin haastatteluun, jossa pyritään selvittämään oppilaan kokonaistilannetta ja mahdollisuuksia hyötyä JOPE-opetuksesta. Haastatteluryhmän esityksen pohjalta, opetuspäällikkö tekee lopullisen päätöksen valinnasta.